História do Brasil: De 1500 a 1627

De volta ao Brasil em 1620 ou 1621, dedicou-se à pesquisa, pedindo a amigos e conhecidos que lhe ajudassem com informações. Como vigário geral, custódio e guardião, teve acesso a documentos que lhe permitiram reconstituir a História do Brasil. Em 20 de dezembro de 1627, concluiu o trabalho e enviou-o ao Licenciado Manuel Severim de Faria, chantre na Santa Sé de Évora. Continuou exercendo suas funções em salvador, enquanto aguardava a publicação do livro. Entretanto, morreu entre 1636 e 1639, sem ver a obra publicada.

Guardado na Torre do Tombo de Lisboa, o manuscrito serviu de fonte para estudiosos como Frei Agostinho de Santa Maria e Francisco Adolfo de Varnhagen. Finalmente, em 1889, Capistrano de Abreu editou o livro e publicou-o pela primeira vez, no Rio de Janeiro